Dirintis tahun 1981 dalam bentuk kerjasama antara Universitas Brawijaya dan Universitas Gajah Mada untuk menyelenggarakan Program Kegiatan Pengumpulan Kredit (KPK) UGM – UNIBRAW.Program ini bertujuan untuk membantu Unibraw dalam merencanakan dan melaksanakan pendidikan pascasarjana secara mandiri.

Pada awal tahun 1982 turun SK Mendikbud dan mulai dibuka 2 kelas untuk Program Studi Sosial Ekonomi Pertanian dan Program Studi Ilmu Tanaman.

Tahun akademik 1985/1986 dibuka Program Studi Pengelolaan Tanah dan Air, dilanjutkan tahun 1989 dibuka kelas untuk Minat Teknologi Pasca Panen dan tahun 1990 dibuka untuk Minat Pakan Ternak yang keduanya didalam Program Studi Ilmu Tanaman, akan tetapi beberapa tahun kemudian keduanya berkembang menjadi program studi sendiri.

Sejak tanggal 27 Pebruari 1993 sesuai SK Dikti No. 104, 105, 106/DIKTI.Kep/1993 Program Pascasarjana melakukan kegiatan secara mandiri dengan 3 program studi (Ilmu Ekonomi Pertanian, Ilmu Tanaman dan Pengelolaan Tanah dan Air).

Sejak saat itu PPSUB semakin berkembang dengan penambahan beberapa program studi antara lain: Program Studi Teknologi Hasil Pertanian; Program Studi Ilmu Ternak; Program Studi Manajemen; Program Studi Ilmu Administrasi; Program Studi Biomedik; Program Studi Biologi Reproduksi; dan PS. Teknik Sumberdaya Air

Sejak tahun akademik 1998/1999 PPSUB mulai menyelenggarakan S3 Ilmu Pertanian, dan S2 nya berkembang menjadi 12 PS. Dalam perkembanganya hingga tahun 2005/2006 PPSUB telah memiliki 20 program studi magister dan 5 program doktor.

Perkembangan yang dicapai PPSUB tersebut tidak datang tiba-tiba. Berawal dari beberapa gelintir mahasiswa dengan beaya studi pribadi maupun mencari terobosan beasiswa (ADB Loan, IAEUP, Karyasiswa, URGE, BPPS) hingga tahun 2006, mahasiswa Pascasarjana mencapai ribuan orang.

Mulai tahun akademik 2006/2007, berdasarkan SK Rektor Universitas Brawijaya No. 030/SK/2006 tertanggal 27 Pebruari 2006, pengelolaan Program Pascasarjana bidang studi monodisiplin diselenggarakan oleh Fakultas-Fakultas sedangkan program studi lintas disiplin diselenggarakan tetap di PPSUB. Terhitung sejak tanggal 1 September 2006, semua program studi sudah diselenggarakan langsung oleh Fakultas kecuali program studi yang bernaung di Fakultas Teknik dan Kedokteran masih melakukan peralihan sehingga masih diselenggarakan di PPSUB.

Setelah masa peralihan dianggap cukup, pada semester Genap Tahun Akademik 2008/2009, Awal Pebruari 2009 Program Studi monodisplin dibawah nauangan Fakultas Teknik dan Fakultas Kedokteran akhirnya dapat dikelola langsung di Fakultas masing-masing. Sejak saat itu pula sejarah pengelolaan Program Pascasarjana Universitas Brawijaya memulai babak baru dimana yang dikelola dibawah PPSUB adalah khusus Program Studi yang lintas disiplin.

Pada semester ganjil Tahun Akademik 2010/2011, PPSUB memiliki 3 Program Studi Magister dan 1 Program Studi Doktor, yaitu : Program Magister Pengelolaan Sumberdaya Lingkungan (PSL), Program Magister Kajian Wanita (PMKW), Program Magister Wawasan Nusantara dan Ketahanan Nasional (Wasantanas) dan Program Doktor Kajian Lingkungan dan Pembangunan (PDKLP).